Sau khi học tiểu học ở Tây Ban Nha, Felipe sang Canada học và lấy bằng tú tài tại Lakefield College School tại Ontario. Từ 1985 cho đến 1988 ông đã tham dự nhiều quân chủng của quân đội Tây Ban Nha: Bộ binh, Hải quân và Không quân. Ông có thể lái trực thăng và máy bay.
Năm 1988 ông học luật tại Madrid và lấy bằng cử nhân vào năm 1993. Sau đó ông đã lấy bằng thạc sĩ về quan hệ quốc tế tại đại học Georgetown, Hoa Kỳ. Tại đại học này ông ở cùng nhà với Pavlos, Thái tử của Hy Lạp, mà cũng là hoàng tử của Đan Mạch. Felipe nói rất giỏi 2 ngoại ngữ tiếng Anh và tiếng Pháp[4].